Od połowy XVI stulecia wygłaszano tutaj kazania po polsku. W trakcie swojej historii kościół wielokrotnie padał łupem zdobywców - Krzyżaków, wojsk rosyjskich i napoleońskich. Świątynię odbudowano w XIX wieku, jednak nie zachowało się jej oryginalne wnętrze. Obceny wystrój pochodzi z innych kościołów; można tu zobaczyć XV-wieczne figury św. Andrzeja i św. Jakuba, gotyckie tabernakulum, tryptyk i rzeźby z XVI-XVII wieku. Od roku 2004 kościół nosi miano bazyliki mniejszej. W sezonie letnim odbywają się tu Olsztyńskie Koncerty Organowe.
